En el transcurrir de los años y dentro de la sección de Natación, los saltos de trampolín y el waterpolo han formado parte de la misma aportando un gran número de deportistas y buenos resultados. Pero sin duda ha sido la Natación y sus nadadores los que han llegado a la más alta competición; Las olimpiadas.
En las olimpiadas de Ricardo Aldabe participo en la final de 50 espalda, consiguiendo una marca todavía hoy no batida.
En las paraolimpiadas Juantxo Fuertes consiguió medallas.
Es en septiembre del año 2.000, cuando la Junta Directiva del CNP aprueba que ; la sección de Natación, pase a denominarse de Natación y Waterpolo de manera que las dos modalidades acuáticas tengan la misma presencia; compartiendo los mismos entrenadores y la misma escuela formativa, siendo todos parte del mismo Equipo.
además de la escuela de iniciación en sus diferentes niveles y de la de perfeccionamiento, la sección cuenta con 40 deportistas repartidos en los diferentes equipos. Absoluto (masculino y femenino), alevín e infantil, veteranos y veteranas (mayores de 35 años), Cadete y Junior.
Aunque este año ha abandonado la selección nacional después de varios años de triunfos, Amaia Osaba, nuestra piragüista más destacada, prepara por su cuenta el mundial de maratón.
El 30 de junio de 2003 se crea la Junta de Fútbol y Fútbol Sala con el fin de coordinar a todos los equipos, además de realizar otras funciones como el presupuesto, normas de funcionamiento, etc.
De sus inicios, cuando sólo contaba con una caseta, un columpio y un trampolín desde el que saltar al agua hasta ahora, el Club ha experimentado una importante transformación y ha vivido diferentes etapas. En la primera época, hasta la guerra civil, en el club sólo se celebraban pruebas de natación en el rio, aunque fue ya en el año 32 cuando la junta aprobó la construcción de una pista para la práctica de un tradicional juego pamplonés: las botxas. Tras la guerra, se inició el resurgimiento de la sociedad deportiva, que fue poco a poco ampliando sus instalaciones. Otro hecho histórico que imprimiría el carácter del Club fue la decisión en 1951 de organizar bailes sociales durante las fiestas de San Fermín. Medio siglo después los bailes continúan siendo un referente de las fiestas de Pamplona. En el Plano deportivo, en los primeros años el club fue cuna de destacados nadadores y saltadores de trampolín, como Azpilizueta, Ciáurriz, Ollo, Mencos o Baldomero Barón, por citar sólo algunos de ellos
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